Inspektorat Kota Baubau merupakan lembaga pengawasan internal yang berfungsi untuk melakukan pengawasan terhadap penyelenggaraan pemerintahan di lingkungan Pemerintah Kota Baubau. Inspektorat memiliki peran strategis dalam mewujudkan tata kelola pemerintahan yang baik, bersih, transparan, dan akuntabel.
Sebagai aparat pengawasan fungsional, Inspektorat Kota Baubau bertugas melakukan pengawasan terhadap pelaksanaan tugas dan fungsi seluruh satuan kerja perangkat daerah (SKPD) di lingkungan Pemerintah Kota Baubau, baik dari aspek keuangan, kinerja, maupun kepatuhan terhadap peraturan perundang-undangan.